上海市市售低温酸奶中细菌多样性的初步研究.docx

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1、品牌不同系列的酸奶样品8份(A1A8),其中A与A5为平行对照样品。全程保证冷链保藏，运送至实验室于04七保存备用。表1酸奶样品Table!Yogurtsamples1. 2仪器与设备FastPre-24MP型组织均质器,美国MPBiomedicals公司;#DP328型粪便基因组DNA试剂盒，天根生化有限科技公司;SLFPTAD多功能酶标仪，美国伯腾Biotek仪器有限公司;PowerPacHC电泳仪，上海伯乐生命医学产品有限公司;5331PCR 仪，美国 Biometra 公司；22331EppendorfAG 离心机，德国Hamburg公司；DW-40L508医用低温保存箱、HYC-29

2、0E用冷藏箱，青岛Haier特种电器有限公司；IllinaMiSeqPE300测序仪，上海美吉生物医药科技有限公司。1.3实验方法L3.1样品前处理用FastPre-24MP组织均质器将样品进行均质混匀，用移液枪吸取200 L样品于EP离心管中备用。1.3.2样品基因组DNA提取样品基因组DNA提取采用粪便基因组DNA试剂盒，具体步骤参考试剂盒说明书。品牌不同系列的酸奶样品8份(AlA8),其中A与A5为平行对照样品。全程保证冷链保藏，运送至实验室于04七保存备用。表1酸奶样品Table!Yogurtsamples1. 2仪器与设备FastPre-24MP型组织均质器,美国MPBiomedic

3、als公司;#DP328型粪便基因组DNA试剂盒，天根生化有限科技公司;SLFPTAD多功能酶标仪，美国伯腾Biotek仪器有限公司;PowerPacHC电泳仪，上海伯乐生命医学产品有限公司;5331PCR 仪，美国 Biometra 公司；22331EppendorfAG 离心机，德国Hamburg公司；DW-40L508医用低温保存箱、HYC-290E用冷藏箱，青岛Haier特种电器有限公司；IllinaMiSeqPE300测序仪，上海美吉生物医药科技有限公司。1.3实验方法L3.1样品前处理用FastPre-24MP组织均质器将样品进行均质混匀，用移液枪吸取200 L样品于EP离心管中备

4、用。1.3.2样品基因组DNA提取样品基因组DNA提取采用粪便基因组DNA试剂盒，具体步骤参考试剂盒说明书。运用生物信息学软件GeneiousPrime(v2022. 1. 1)进行细菌序列的比对分析。2结果与分析2. 1样品16SrRNAV3V4区扩增电泳结果酸奶样品总DNA经酶标仪检测后，浓度均在1015ngL,且0D260/0D280均在L82.0,表明DNA纯度较高。图1为样品16SrRNAV3V4区PCR扩增产物电泳分析结果，选用100bpladder为Markero 16个样品在目标产物区域均出现明显的条带，而阴性对照无条带，说明酸奶样品中存在细菌。此外16个样品的电泳条带均匀单一

5、，表明PCR扩增成功，可以进行后续的测序。M-marker图116SrRNAV3-V4区PCR产物琼脂糖电泳Fig. ITheagarosegelelectrophoresisofPCRproductsfromV3V4regionof 16SrRNA注：Nl、N2分别为提取DNA时采用的阴性对照和PCR扩增时采用的阴性对照2.2稀释曲线图2为样品OTU稀释曲线，反映群落丰富度的指数有Sobs、Chao、Ace、Jack、Bootstrap 等,其中 Sobs 描述丰富度实际观测值，更能直观体现本研究样品的丰富度，因此采用的酸奶样品总DNA经酶标仪检测后，浓度均在1015ngL,且0D260/0

6、D280均在L82.0,表明DNA纯度较高。图1为样品16SrRNAV3V4区PCR扩增产物电泳分析结果，选用100bpladder为Markero 16个样品在目标产物区域均出现明显的条带，而阴性对照无条带，说明酸奶样品中存在细菌。此外16个样品的电泳条带均匀单一，表明PCR扩增成功，可以进行后续的测序。M-marker图116SrRNAV3-V4区PCR产物琼脂糖电泳Fig. ITheagarosegelelectrophoresisofPCRproductsfromV3V4regionof 16SrRNA注：Nl、N2分别为提取DNA时采用的阴性对照和PCR扩增时采用的阴性对照2.2稀释

7、曲线图2为样品OTU稀释曲线，反映群落丰富度的指数有Sobs、Chao、Ace、Jack、Bootstrap 等,其中 Sobs 描述丰富度实际观测值，更能直观体现本研究样品的丰富度，因此采用的酸奶样品总DNA经酶标仪检测后，浓度均在1015ngL,且0D260/0D280均在L 82.0,表明DNA纯度较高。图1为样品16SrRNAV3V4区PCR扩增产物电泳分析结果，选用100bpladder为Markero 16个样品在目标产物区域均出现明显的条带，而阴性对照无条带，说明酸奶样品中存在细菌。此外16个样品的电泳条带均匀单一，表明PCR扩增成功，可以进行后续的测序。M-marker图116

8、SrRNAV3-V4区PCR产物琼脂糖电泳Fig. ITheagarosegelelectrophoresisofPCRproductsfromV3V4regionof 16SrRNA注：Nl、N2分别为提取DNA时采用的阴性对照和PCR扩增时采用的阴性对照2.2稀释曲线图2为样品OTU稀释曲线，反映群落丰富度的指数有Sobs、Chao、Ace、Jack、Bootstrap 等,其中 Sobs 描述丰富度实际观测值，更能直观体现本研究样品的丰富度，因此采用的酸奶样品总DNA经酶标仪检测后，浓度均在1015ngL,且0D260/0D280均在L 82.0,表明DNA纯度较高。图1为样品16SrR

9、NAV3V4区PCR扩增产物电泳分析结果，选用100bpladder为Markero 16个样品在目标产物区域均出现明显的条带，而阴性对照无条带，说明酸奶样品中存在细菌。此外16个样品的电泳条带均匀单一，表明PCR扩增成功，可以进行后续的测序。M-marker图116SrRNAV3-V4区PCR产物琼脂糖电泳Fig. ITheagarosegelelectrophoresisofPCRproductsfromV3V4regionof 16SrRNA注：Nl、N2分别为提取DNA时采用的阴性对照和PCR扩增时采用的阴性对照2.2稀释曲线图2为样品OTU稀释曲线，反映群落丰富度的指数有Sobs、C

10、hao、Ace、Jack、Bootstrap 等,其中 Sobs 描述丰富度实际观测值，更能直观体现本研究样品的丰富度，因此采用的酸奶样品总DNA经酶标仪检测后，浓度均在1015ngL,且0D260/0D280均在L 82.0,表明DNA纯度较高。图1为样品16SrRNAV3V4区PCR扩增产物电泳分析结果，选用100bpladder为Markero 16个样品在目标产物区域均出现明显的条带，而阴性对照无条带，说明酸奶样品中存在细菌。此外16个样品的电泳条带均匀单一，表明PCR扩增成功，可以进行后续的测序。M-marker图116SrRNAV3-V4区PCR产物琼脂糖电泳Fig. ITheag

11、arosegelelectrophoresisofPCRproductsfromV3V4regionof 16SrRNA注：Nl、N2分别为提取DNA时采用的阴性对照和PCR扩增时采用的阴性对照2.2稀释曲线图2为样品OTU稀释曲线，反映群落丰富度的指数有Sobs、Chao、Ace、Jack、Bootstrap 等,其中 Sobs 描述丰富度实际观测值，更能直观体现本研究样品的丰富度，因此采用的酸奶样品总DNA经酶标仪检测后，浓度均在1015ngL,且0D260/0D280均在L82.0,表明DNA纯度较高。图1为样品16SrRNAV3V4区PCR扩增产物电泳分析结果，选用100bpladde

12、r为Markero 16个样品在目标产物区域均出现明显的条带，而阴性对照无条带，说明酸奶样品中存在细菌。此外16个样品的电泳条带均匀单一，表明PCR扩增成功，可以进行后续的测序。M-marker图116SrRNAV3-V4区PCR产物琼脂糖电泳Fig. ITheagarosegelelectrophoresisofPCRproductsfromV3V4regionof 16SrRNA注：Nl、N2分别为提取DNA时采用的阴性对照和PCR扩增时采用的阴性对照2.2稀释曲线图2为样品OTU稀释曲线，反映群落丰富度的指数有Sobs、Chao、Ace、Jack、Bootstrap 等,其中 Sobs

13、描述丰富度实际观测值，更能直观体现本研究样品的丰富度，因此采用的酸奶样品总DNA经酶标仪检测后，浓度均在1015ngL,且0D260/0D280均在L 82.0,表明DNA纯度较高。图1为样品16SrRNAV3V4区PCR扩增产物电泳分析结果，选用100bpladder为Markero 16个样品在目标产物区域均出现明显的条带，而阴性对照无条带，说明酸奶样品中存在细菌。此外16个样品的电泳条带均匀单一，表明PCR扩增成功，可以进行后续的测序。M-marker图116SrRNAV3-V4区PCR产物琼脂糖电泳Fig. ITheagarosegelelectrophoresisofPCRprodu

14、ctsfromV3V4regionof 16SrRNA注：Nl、N2分别为提取DNA时采用的阴性对照和PCR扩增时采用的阴性对照2.2稀释曲线图2为样品OTU稀释曲线，反映群落丰富度的指数有Sobs、Chao、Ace、Jack、Bootstrap 等,其中 Sobs 描述丰富度实际观测值，更能直观体现本研究样品的丰富度，因此采用的酸奶样品总DNA经酶标仪检测后，浓度均在1015ngL,且0D260/0D280均在L82.0,表明DNA纯度较高。图1为样品16SrRNAV3V4区PCR扩增产物电泳分析结果，选用100bpladder为Markero 16个样品在目标产物区域均出现明显的条带，而阴

15、性对照无条带，说明酸奶样品中存在细菌。此外16个样品的电泳条带均匀单一，表明PCR扩增成功，可以进行后续的测序。M-marker图116SrRNAV3-V4区PCR产物琼脂糖电泳Fig. ITheagarosegelelectrophoresisofPCRproductsfromV3V4regionof 16SrRNA注：Nl、N2分别为提取DNA时采用的阴性对照和PCR扩增时采用的阴性对照2.2稀释曲线图2为样品OTU稀释曲线，反映群落丰富度的指数有Sobs、Chao、Ace、Jack、Bootstrap 等,其中 Sobs 描述丰富度实际观测值，更能直观体现本研究样品的丰富度，因此采用的多样性指数为Sobs。由图2可知，随着测序深度增加，曲线