QSAR平台——自动化QSAR模型在药物设计中的应用.docx

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1、摘要：传统QSAR模型需耍充分挖掘算法和描述符适用性，每种算法和不同的描述符都要单独建立一个模型，非常耗费时间。GSK公司搭建了一个QSAR平台用于构建和分析QSAR模型系统。该平台是通过Pipeline Pilot构建的，可以处理连续型和分类型数据，并构建易于使用的多种模型。该平台已得到了两个公开数据集的验证与演示。MaXFIow生物医药智能创新平台，由创腾科技自主研发，旨为不同领域的一线创新科技工作者提供一个合作共享的B-S架构平台。以“数据自由，模型自由”为理念，在结构模型与预测模型进行融合的基础上，实现模拟与AI需求的合并，为研发赋能。QSAR平台一一自动化QSAR模型在药物设计中的应

2、用ref： J Comput Aided Mol Des, 2013 Apr;27(4):321-36 ; IF=2.356链接：10.1007/sl 0822-013-9648-4.传统QSAR模型需要充分挖掘算法和描述符适用性，每种算法和不同的描述符都要单独建立一个模型，非常耗费时间。GSK公司搭建了一个QSAR平台用于构建和分析QSAR模型系统。该平价是通过Pipeline Pilot构建的，可以处理连续型和分类型数据，并构建易于使用的多种模型。QSAR平台提供了一个框架，构建了不同建模算法、不同描述符组合和不同数据分割(训练集和测试集划分)组合成的多种多样的QSAR模型，并提供了验证、

3、分析和比较模型的方法，使用户能够选择最合适的模型。该平台可自动化实现数据准备、结构标准化、描述符计算、QSAR模型构建与验证等步躲，并为有经验的用户提供底层参数的完全访问权限，满足不同用户，不同领域的应用。Pipeline Pilot构建的QSAR平台还允许将选定的模型以web形式进行发布，使得其他用户便于访问和使用。该平台J得到了两个公开数据集的验证与演示。Table 1 Statistical learners available in QSAR WorkbenchStatistical methodCategoricalContinuousDetailsPP BayesYesNoNaiv

4、e Bayes as implemented in Pipeline Pilot (41JPP RP forestYesNoRecursive partitioning fwest model |42) as implcinenied in Pipeline PilotPP RP treeYesNoRecursive partitioning tree incxlel 42 as implemented in Pipeline PilotR NNYesYesNeural network model as unplemented in R package nne( |43|R SVMYesYes

5、Support vector machine nuxlel as implemented in R package el071 |44JPP PLSNoYesPartial least squaivs model as implemented in Pipeline PilotR PLSNoYesPartial least squares model as implemented in R package pls 45图一 QSAR平台支持的算法模型/ pprp epA Op AP Tree PP8” R$WROC MJC TramFN“ POS如e R* (1 TZSg)VoatOtemeM

6、oMTyptSc.ey.Sptcificry !? K- T“rSC Fcs27y atopySat PntSpKtSOMC/9tor Suduo.101PPBtyet0600 870 40152051070.17S3RPCSO6D *dVodtJ06PP Bayes0 920 980.691520670台0S2140RPC50633，Vodet.mPP Bayes0S7OSS0421S2。9069014140RFC”5_CV83.MoLiK冲0 971000M0on0QOSS140WC5Cw% VModtLEPPMyo0”0M0 9)00 780Mose140RKWfCfmoOa，voM.i

7、MPPBay”ouOtt0 731S20non0 42140RK50nutt.Uod0.f3iMB”，on00671S2GM0640 40140RPCWtrfcinofc MtU36PPMy”320 950S31S20610910S3RPCSOpz 即dueiJ41PPBayeteae0930 77152OSSoroeV40WCWFSPObC*uodei.146PPBtytl0740 790S11S2054OU0t2140RPC54)VoPfOPtwUo*- 闾A Stye074OSSC332210%0$202771MCTS必wu$ePPBiytt0950950 90221。酸0 8106371RPC7SJ -士 UponXHodete Sctectrd图二QSAR平台结果演示