2023下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识（最全版）.docx

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1、2023下呼吸道感染宏基因组二代测序报告临床解读路径专家共识（最全版）近年来，宏基因组二代测序（mNGS）技术在下呼吸道感染（1RTI）病原诊断领域得到了广泛应用，国内临床医师在mNGS的临床应用方面已积累了一定的经验和证据。但mNGS在1RTI病原诊断中的适用场景仍缺乏规范，mNGS报告的临床意义解读也缺乏专业的指导意见。本共识基于mNGS在我国1RTI病原诊断方面的应用实践，梳理mNGS在1RTI应用领域的瓶颈问题，汇总本领域专家意见，明确了mNGS在1RTI病原诊断中的适用场景为mNGS报告临床意义提供了一条合理可行的解读路径，以期规范mNGS在1RTI中科学合理应用。宏基因组二代测序（

2、metagenomicnext-generationsequencing,mNGS）是近年来兴起的基于核酸检测的微生物鉴定技术,由于其非预设性、高通量等优点而得到广泛应用U-4下呼吸道感染（IOWerreSPiratoryt3CtinfCt1OZ1RT1要包括社区不犬得性肺5（COmmUnity-acquiredpneumonia,CAP）、医院获得性肺炎（hospita1-acquiredpneumonia,HAP）、免疫抑制宿主肺炎、慢性阻塞性肺疾病急性加重、支气管扩张症合并感染等类型，临床表现多样，感染微生物种类复杂，感染和定植鉴别困难，加之mNGS技术本身存在的局限性，mNGS诊断效力

3、的发挥有赖于选择恰当患者、采用适宜标本以及进行合理的解读。尽管国内就mNGS的技术要点和临床应用已有数部专家共识，但尚缺乏针对1RTI临床实践中具体问题的指导意见。为此，中华医学会呼吸病学分会发起并组织呼吸与危重症、临床微生物检验、感染等多学科的专家撰写本共识，以期规范mNGS在1RTI中的临床应用，为更好地规范解读mNGS报告提供指引。1RT1诊断要点、主要病原谱及特定致病微生物的危险因素本共识不再赘述，可参考相关指南或共识3-71。本共识采用问答的形式，首先提出需要阐明的问题，经共识写作组讨论后确定入选问题，在梳理临床证据的基础上给出每个问题的推荐意见及理由，并附上典型应用案例及其解析，方

4、便读者掌握共识要点。本共识适用于青少年和成人1RTIo一.1RT1病原学诊断方法学问题1:mNGS和传统微生物检测方法相比的优势与不足是什么？传统微生物检测方法技术成熟，可靠性较高，临床应用实践多；mNGS技术理论上能非预设性、一次性检测未知病原，检测范围更广，但存在技术复杂、报告解读困难等不足。与传统微生物学检测方法相比,mNGS的优缺点见表18中。不同的病原学诊断方法都有其各自的适用场景与前提，需要根据患者群体、病情特点、可疑病原微生物类别、当地实验室条件，选择适宜检测方法。I-NGSfn传统微生物学愉利方法汴IJm原学诊嘛中的优静与不足优暂不足*na(I)“必度空嫌帕样本中原生与叙俄多少

5、的彰明.2),隹目便3,除色便皇才级仅得na的用tCMat懵IKB做下令3他，色力也“似生，奥蟒X4,设务筌六条科限.MTHJ5)以WG样，笛灸O剧况曲牌1蠹然盛噩方世小网。色方加S在杆需要仪米值月做星。T；9的水殳慢作X峻皎的重丽大(5.然察做1将卜仇也过雷MWt反a行切.防(6虏濡瞿I)伯格相“*中力方法学收熟.方便开展(I，使用Mf1i西拘口弘度m壮实*室离要忏1不同的q*或删不X的精养船力精3)箫存必削除会1.构是事0件改物珍新的金标序4)篇岸出需即强支等可RIT用/K险指愤0球阳死祚方也依馒作者建心(3由球上口号“*埸开嗫仪&A鼻体.文克次体等弟*总多像“声无心笆培伟般我要IcdVt

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7、酎阿班”的庾与Q鼻度更好.儿需检费M、身序包,9用或卜HS)宠黜了生物学检漏方法相比.凝强峰Ir1物OHM6SrRNA的欣GS是，生态分析的候点方(I原说比3GS卒.无依龄舞未知病原微生物Q)丑缶犯蜒笄貌奈,除初肘网受龄冽步与方案的制(3)A*ttA(“无，依内0嗓T物.M陵利口帔无偏好性.是怆上”冽然录&文T羽石0度殷髀嘴晶?R.Jf,.常第沪徐工梵*物J&I犹注;心：袋修因蛆一代刊序;Urn;下4啜道:皿：1E向看PieiiN序二.患者的选择问题2:哪些疑似1RTI的临床场景需考虑通过送检mNGS明确病原微生物？1.免疫抑制宿主疑似发生1RTI且临床表现提示非CAP常见病原微生物所致者。免

8、疫抑制宿主包括原发性免疫抑制宿主、进展期恶性肿瘤患者或感染前1年内罹患恶性肿瘤患者(不含I期肺癌等早期恶性W瘤或局限性皮肤癌)、正在接受化疗的恶性肿瘤患者、HIV感染伴CD4T淋巴细胞计数700mg)、接受生物免疫调节剂治疗患者如抗肿瘤坏死因子(TNF)P单克隆抗体等、接受缓解病情抗风湿药或其他免疫抑制药物（如环抱素、环磷酰胺、甲氨蝶岭等）治疗的患者、各种原因导致的粒细胞缺乏患者（外周血中性粒细胞计数051091）等2i3。2 .1RTI患者发病初期即出现需要使用血管活性药物的感染性休克、需要有创机械通气的呼吸衰竭、多脏器功能不全等危及生命的状况时；1RTI经规范经验性抗感染治疗48-72h后

9、,感染症状仍持续加重或影像学快速进展者。3 .聚集性发病疑似具有传染性、但无法明确病原体的1RTI;有特殊病史（如近期境外或野外旅游史）且经验性治疗无效,病情较为严重的1RTI;临床考虑特殊病原体（如钩端螺旋体、嗜肺军团菌、鹦鹉热衣原体等）感染且病势迅疾或迁延者，常规培养困难或所在医疗机构无法提供可靠的传统检测方案时。4 .患者有1RTI症状或影像表现，经规范抗感染治疗后病灶吸收延迟、病程迁延，需鉴别是否由非感染性疾病所致（如结缔组织疾病的肺部累及、肺淋巴瘤等），可以在常规病原微生物检测、感染生物标志物、病理等相关检查同时送检mNGS以帮助鉴别诊断。问题3:哪些临床场景通常不建议送检mNGS?

10、1 .免疫功能健全宿主罹患1RTI（包括重症肺炎），经过规范的经验性抗感染治疗病情已好转。2 .1RTI已通过其他方法获得病原学结果，与临床特点相符，或针对性治疗有效。3 .无法获取优质标本。问题4:如何根据所在医院微生物检测能力差异化送检mNGS诊断1RTI?mNGS技术本身具有价格昂贵、技术复杂、结果解读难度大的特点，不建议mNGS替代传统生物检测。在传统微生物检测能力不足的医疗单位,对于疑难、复杂或危重感染病例，可以考虑将mNGS作为传统的补充手段。原则上应首先针对可疑病原微生物选择可靠的检测方法，包括PCR等特异性的分子检测，但在缺乏相应检测手段的情况下，可将mNGS作为备选。例如，疑

11、诊病毒性肺炎期E典型病原体肺炎患者,应首选针对常见呼吸道病毒和非典型病原体的PCR或多重PCR和（或）抗原检测,在常规检测阴性或本机构无法进行相关检测时,可将mNGS作为重症患者的选择。三标本选择、采集和运送规范及质量评估问题5:如何根据1RTI特点选择mNGS送检标本类型？在1RTI的病原微生物诊断中，可用于mNGS检测的标本包括痰（含诱导痰）、气管吸引物、支气管肺泡灌洗液（bronchia1a1veo1ar1avagef1uids,BA1F）、经支气管肺活检（transbronchia1Iungbiopsy,TB1B）标本、经支气管内超声（endobronchia1u1trasonogra

12、phyzEBUS）活检标本、经皮肺穿刺活检标本、血液等I2。选择mNGS送检标本类型时应考虑下列因素：（1）标本中的病原微生物载量；（2）标本中污染或定植微生物的含量及其对检查结果的干扰；（3）标本中人源序列的含量及其对检测结果的干扰；（4）标本采集的难易程度及相关操作风险;（5）标本采集所需要的医疗费用。表2比较了常用呼吸道标本的临床适用场景。21Rn患弄总吸mNGS#川标本的比较注,1KT1:下”收遐0；mN；S：宏基四蛆二代测序；BA1F,电气管肺泡/法ft;TBUh经支气U”为检；KBUS:经支N管内Ifi志问题6:样本质量如何保证，标本保存和运输条件是什么？1 .保证mNGS送检标本

13、质量的主要措施：mNGS在采集、运输、保存等多个环节易污染，影响结果判读。（1）选择高质量的呼吸道标本，标本采集时应尽量避免污染。（2）尽量由专门技术人员进行采集，可参考临床微生物分子检测规范，对医护人员进行采集运输微生物标本等方面的培训I。（3）规范采集方法和送检流程：对于痰液标本采集，医护人员应首先判断患者是否有自主咳痰的能力,监督并协助患者，清水漱口23次，用力咳出深部痰35m1,保存在无菌杯内；若为气管插管患者，无法自主咳痰，可通过气管插管进行抽吸，留取标本在无菌杯内；BA1F标本采集，应在支气管镜的引导下，使用无菌生理盐水多次灌洗，留取510m1标本放入无菌管中，尽快送至检测实验室；

14、肺组织标本采集，应尽量对感染部位或边缘进行取材，保存在无菌杯中，尽快送至检测实验室。尽可能在首次抗菌药物使用或更改治疗方案前进行采集。尽量使用有螺口的无菌杯或使用封口膜进行密封，减少运输和保存过程中的污染。（4）信息标注完整：患者基本信息，临床症状（包括现病史和既往史等），标本采集时间、方法，抗菌药物使用种类及其持续时间，临床医生的初步诊断及对致病微生物的初步判断等。（5）针对不同的标本类型，制定标本接收或拒收标准。如合格的痰标本应白细胞25个/低倍视野，鳞状上皮细胞10个/低倍视野，或白细胞/鳞状上皮细胞2.5;合格的BA1F标本鳞状上皮细胞应1%,镜检现场评价有助于提高采样质量。实验室在接

15、收到标本后，应尽快评估标本质量。对于不合格的标本，应与临床沟通后尽量重新采集。若重新采集难度较大，则在相应标本的检测结果中应明确标注标本质量不合格，在对该标本的测序结果进行判读时应考虑标本质量对检测结果的干扰。2 .mNGS送检标本的保存要求：（1）下呼吸道标本：包括痰（含诱导痰）、BA1F、肺炎旁胸腔积液等，原则上应在采集后立即送检。若标本不能立即送检，标本采集时间与检测时间间隔24h,可在28。（:保存。若标本采集时间与检测时间间隔24h,DNA测序标本保存时间2周时可储存在-20OC冰箱，保存时间超过2周则需储存在-80OC冰箱;需要进行RNA测序的标本如果保存时间24h,均应保存在-80。（:冰箱。对于短期不做检测的液体样本,冻存前应分装保存在冻存管（5001管）中。（2）血标本：采集后4OC保存不超过8h,如果需要长期保存,分离血浆后4。（:可保存24h,长期保存于-80。（:冰箱