2023精准医学时代高通量测序在髓系血液肿瘤诊疗中的应用.docx

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1、2023精准医学时代高通量测序在髓系血液肿瘤诊疗中的应用髓系血液肿瘤的发生是遗传学异常驱动的造血干细胞克隆性扩增的结果。尽管形态学在髓系血液肿瘤的诊断中起着至关重要的作用，但二代测序（NGS放术如靶向NGS、全外显子组测序WGS1全基因组测序WES全转录组测序（WTS）和单细胞测序等，可以使我们快速、准确、全面地了解遗传学异常改变。基因组特征在髓系血液肿瘤准确诊断和分类、危险度评估、治疗方案选择和疗效评估等方面的作用越来越重要。因此，这一领域的研究一直是近几年美国血液学会（ASH）年会的热点。现就第64届ASH年会急性髓系白血病（AM11骨髓增生异常综合征（MDS）和骨髓增殖性肿瘤（MPN）方

2、面的内容进行介绍。1 AM11.1 诊断和分型1.1.1 世界卫生组织（WHO）2023分类和国际共识分类（ICC）与WHo2017分类的比较自2017年WHO分类第4版（WHO2017）发布以来,血液肿瘤分子遗传学领域取得了突破性进展，在此背景下2023年WHO分类第5版（WHO2023师2023国际共识分类ICC纳入了一系列新的相关内容。如WHO2023不再设定髓系恶性肿瘤伴遗传学异常（DGA）原始细胞的最低诊断阈值，而ICC与WHO2023相呼应，将AM1-DGA的原始细胞阈值设置为10%,而无DGA的原始细胞比例为10%19%的病例被定义为新的MDS/AM1亚型。此外，WHO2023和

3、ICC都将WHO2017的AM1伴骨髓发育不良相关改变（AM1-MRC）亚型改为AM1伴骨髓发育不良相关（AM1-MR1AM1-MR去除了骨髓病态造血和发育不良作为唯一的该亚型诊断标准，更新了细胞遗传学标准，引入了SRSF2、SF3B1xU2AF1、ZRSR2、ASX11、EZH2、BCORxSTAG2突变基因。因此，了解WHO2023和ICC对AM1患者分类的影响，是第64届ASH年会的热点。德国M11慕尼黑白血病实验室的Huber等将746例初诊AM1患者分别按WHO2017和WHO2023xICC分类比较，发现WHO2023和ICC的AM1-DGA组（不包括MR）与WHo2017相似，占

4、比为65%,但其组成发生了变化，主要是由于WHO2023和ICC分类增加了一些新的基因重排，如KMT2A重排（KMT2A-r）组（44例）纳入了18例（41%）携带M11T3以外其他伙伴基因的患者；MECOM-r组（64例）纳入了28例（44%）GATA2之外其他伙伴基因的患者，以及分别有5例和1例患者被纳入了新增加的组别NUP98-r（5例）和携带其他DGA（1例，KAT6A:CREBBP止匕外，由于WHO2023和ICC去除了RUNX1暂定亚型,48例根据WHO2017被分到RUNX1突变组的患者中37例被重新划分到AM1-MR组。由于WHO2023和ICC中AM1-MR类别增加了8个突变

5、基因，导致其占比（28%）较WHO2017中AM1-MRC占比(22%)升高。相反，AM1非特指型(AM1-NOS)占比从13%降至5%o上述结果显示,WHO2023和ICC中根据DGA分类患者的比例明显增高，根据形态学分类患者的比例明显降低。此外,WHO2023和ICC的基本分类概念相似，但因部分患者的诊断标准存在差异而无法比较，因此，统一两种分类的诊断标准，避免临床上的混淆，对AM1临床诊疗和研究都至关重要。1.1.2 突变基因对AM1预后的影响突变基因对AM1预后的影响，尤其是对正常核型AM1(NK-AM1)预后的影响非常显著。如2023年欧洲白血病网AM1预后危险度分层(E1N2023

6、)将NPM1突变分为低危组，F1T3-ITD突变为中危组，TP53突变为高危组。但大量NGS结果显示AM1常见突变基因存在伴随突变,二者对AM1患者预后影响有叠加作用。通过对大量AM1患者基因突变谱分析，可以进一步剖析不常见基因突变组合对AM1预后的影响。NPM1突变患者约占AM1的30%,约占NK-AM1的50%,通常NPM1突变AM1患者被认为预后良好，但NGS结果显示，NPM1突变患者常伴有20余种突变基因，不同的伴随基因突变可能显著影响患者预后。西班牙萨拉曼卡大学医院的HernandezSanchez等从HARMONYA11iance数据库中筛选出1093例接受强化疗的NPM1突变AM

7、1患者,通过开发一种机器学习算法，对4种共突变基因组合患者总生存(OS)的影响进行分析，通过将突变组合与KaPIan-Meier和Cox回归模型进行比较，构建了NPM1突变AM1新的风险分层模型,该模型通过外部患者队歹U得至IJ了验证。该模型的分析显示，1093例NPM1突变AM1患者根据不同共突变组合，可分为低危、中危-1、中危-2和高危4组，其3年OS率分别为78%、63%、48%和29%P0.001）3年无复发生存RFS）率分别为71%、59%、39%和26%（P0.001高危组包括NPM1突变+F1T3-ITD突变+DNMT3A突变组合患者（272例）和TP53突变患者（17例1值得注

8、意的是,该研究发现，并非所有F1T3-ITD突变患者预后均为中等或不良，如NPM1突变+F1T3-ITD突变+IDH突变+DNMT3A野生型组合患者预后良好，2年OS率为80%o同样，并非所有DNMT3A突变患者预后均为中等或不良，NPM1突变+DNMT3A突变+NRAS、KRAS、PTPN11或RAD21突变的患者预后较好，2年OS率为80%o以上结果充分证明，不同共突变组合对AM1患者预后影响巨大，值得临床医生充分重视。E1N2023将TP53突变且等位基因变异频率（VAF）值10%的AM1患者纳入高危组但根据WHO2023,MDS伴双等位基因TP53突变;bTP53突变）为单一亚型，且与

9、单等位基因TP53突变（sTP5突变）MDS患者相比，预后更差。是否TP53突变AM1患者预后也存在类似表现,法国的Fenwarth等回顾性探究了TP53等位基因的突变状态对接受强化治疗AM1患者预后的影响。该研究共纳入来自3个临床试验的983例成年AM1患者，其中83例为TP53突变患者（8%;21例A1FA-0701z28例A1FA-0702,34例A1FA-1200）,14例为sTP53突变，69例为bTP53突变。与sTP53突变相比，bTP53突变患者OS更差（2年OS率：4%比43%,P0.001X另外一项来自德国M11慕尼黑白血病实验室的773例AM1的WGS数据显示，AM1伴双

10、打击TP53突变患者的中位OS时间为1个月（HR=5）,而AM1伴单打击TP53突变患者的中位OS时间为8个月（HR=I.8I表明AM1患者TP53突变的VAF值及等位基因状态均显著影响其预后。1.2 危险度分层更新后的E1N2023遗传学危险度分层结合了AM1分子遗传学的最新进展。与E1N2017相比，主要更新包括:（1）高危增加了7个MDS相关突变；（2）将具有高危细胞遗传学异常的NPM1突变患者置于高危组；（3）将F1T3-ITD突变置于中危组，不再考虑等位基因比例；（4）bZIPCEBPA突变替换了双等位基因CEBPA突变作为低危组。这些更新对AM1患者的危险度分层有何影响，来自美国俄

11、亥俄州立大学综合癌症中心的Mr6zek等回答了这个问题。他们纳入AI1ianCe临床试验1098例接受阿糖胞昔德环类药物诱导治疗的初诊成年AM1患者，比较了E1N2023和E1N2017中AM1患者危险度分层的结果。根据E1N2023,低、中、高危患者的比例分别为38%、26%、36%,与E1N2017相比（低危43%,中危25%,高危32%）,低危组占比减少,高危组占比增加。E1N2023与E1N2017预测患者完全缓解（CR）率、OS无明显差别。另外一项韩国全南大学和顺医院Song等关于真实世界的研究结果显示，624例成年初诊AM1患者均接受标准37方案诱导化疗，其中235例（44.9%）

12、接受异基因造血干细胞移植（a11o-HCST根据E1N2017危险度分层，低危218例（34.9%）,中危298例（47.8%）,高危108例（17.3%根据E1N2023危险度分层，E1N2017低危患者中31例被划为中危组，3例被划为高危组。但在未进行a11o-HCST的患者中，E1N2023低危患者显示出比中危和高危患者更长的0S（P=0.003）和无事件生存（EFS）时间（P0.001在E1N2017中危患者中，21例被划为E1N2023低危组，46例被划为高危组，各组OS和EFS差异均有统计学意义（均P0.0011上述结果显示E1N2023危险度分层在真实世界中优于E1N2017o1

13、.3 微小残留病（MRD）MRD检测在AM1患者疗效评估、治疗选择、复发预测等方面具有重要意义。常用的MRD检测方法为实时荧光定量聚合酶链反应（RT-PCR）和多参数流式细胞术（MFC2023年E1N推荐去错-NGS配合MFC检测AM1患者MRD,检测下限为10-3。其优点是准确性高，可同时检测多种突变基因的动态变化，缺点是检测时间长、费用偏高。来自法国巴黎圣路易斯医院的Hirsch等在A1FA-0702研究中采用含67个基因的去错-NGSpane1（VAF阈值为0.1%）,检测了189例AM1患者的MRD（NGS-MRD）,并评估了克隆造血相关突变DNMT3AsTET2或ASX11（DTA）

14、对患者预后的影响。初诊时181例（95%）患者中检测到至少1个基因突变，诱导治疗后91例患者未检测到突变基因（NGS-MRD阴性），90例患者至少检测到1个突变基因（NGS-MRD阳性）,其中42例患者仅检测到DTA突变（DTA-MRD在单变量分析中，NGS-MRD阳性患者与阴性患者相比，4年无白血病生存（1FS）率和OS率显著降低（4年1FS率：44%比68%,P0.001;4年OS率：57%比81%,P0.001DTA-MRD和非DTA-MRD患者之间的1FS和OS差异无统计学意义。在67例NPM1突变患者中，41例未检测的NPM1突变（包括21例NGS-MRD阳性和20例NGS-MRD阴

15、性），26例检测到NPM1突变（包括16例NGS-MRD阳性和10例NGS-MRD阴性当调整E1N状态和NPMI-MRD时，NGS-MRD阳性与较低1FS率呈非显著趋势相关（HR=2.3,P=0.0631近年来，单细胞测序技术以其高灵敏性、特异性和分辨率的优势，在血液肿瘤的MRD监测中崭露头角。美国MissionBio公司开发了一款单细胞DNA&Protein多组学的检测平台Tapestri,已用于多项血液肿瘤克隆进化和耐药的研究，并在AM1的MRD检测中显示出卓越的应用前景。通过两步法微流控技术和生物信息学分析手段，该检测平台可以区分DNA层面纯合子和杂合子突变，可以分析单个细胞的共突变和患

16、者细胞的克隆结构，还可以同时分析1个细胞的基因型和细胞表面免疫表型，在MRD检测中可区别血液肿瘤标本中克隆造血克隆和白血病克隆。来自美国纽约纪念斯隆凯特琳癌症中心的Robinson等利用此平台检测了29例AM1患者诱导后单细胞MRD（SCMRD）,即在富集患者样本的CD34阳性和（或）CD117阳性祖细胞后，进行多样本混合，然后在Tapestri平台上进行单细胞多组学分析，并与NGSpane1MRD（pMRD）检测结果进行比较。结果显示，scMRD与pMRD的结果73%相同，ScMRD的突变平均VAF高于pMRD,scMRD检测出17个突变是PMRD漏掉的，包括RUNX1（5例NPM（3例由KRAS（2例I1DH2（2例WT1（2例JAK2（1例）、TP53（1例）和SRSF2（1例）突变，其中14个突变在复发时出现。scMRD数据描绘出克隆结构,并鉴定了白血病前期和白血病克隆。在5个造血干细胞移植（HSCT）后样本中，scMRD通过SNP位点很