实验动物 近交系小鼠、大鼠SNP标记检测法》征求意见稿(1).docx

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1、附件4ICS65.020.30B44中华人民共和家标准GB/T实验动物近交系小鼠、大鼠SNP标记检测法1aboratoryanima1-Sing1enuc1eotidepo1ymorphismsmarkermethodsforinbredmiceandrats（征求意见稿）XXXX-XX-XX实施XXXX-XX-XX发布国家市场监督管理总局国家标准化管理委员会GB/T-1X.-I1-刖后本标准按照GB/T1.1-2009的规则起草。本标准由全国实验动物标准化技术委员会(SAC/TC281)提出并归口。本标准起草单位：中国食品药品检定研究院，上海实验动物研究中心、陕西省中医药研究院、山西医科大学

2、、广东省实验动物监测所本标准起草人：魏杰、王洪、岳秉飞、赵莹、李欢、周佳琪、赵丽亚、汤建平、姚养正、宋国华、王静、范春、陈国强实验动物近交系小鼠、大鼠SNP标记检测法1范围本标准规定了实验动物近交系小鼠、大鼠单核甘酸多态性(SNP)标记检测方法及判断标准。本标准适用于实验动物近交系小鼠、大鼠遗传组成分析、品系鉴别和质量控制。2规范性引用文件下列文件对于本标准的应用是必不可少的。凡是注明日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本标准。凡是不注日期的引用文件，其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。GB14923-2023实验动物遗传质量控制3 术语和定义下列术语和定义适用于本规程。SNP标记si

3、ng1enucIeotidepoIymorphismsmarker单核甘酸多态性标记，是指在基因组水平上由单个核甘酸在位置上发生转换、颠换、插入或缺失等引起的DNA序列多态性，为基因分析的第三代分子标记。常见的SNP以二等位多态性为主。纯合性homozygosity同源染色体的相对位置上具有相同基因的状态。近交系动物通过连续的近亲交配绝大部分的位点都具有纯合性。一个品系内任何个体间进行交配产生的后代也具有纯合性。同基因性isogenicity一个近交品系中所有个体在遗传上是同源的。如对近交系动物的基因进行检测，一个品系内不同个体的基因型完全一致。个体性indiViduaIity就整个近交系动物

4、而言,每个品系在遗传上都是独特的，大多数近交品系可通过各自的SNP遗传概貌相互区别。4 主要试剂与仪器4.1 试剂DNA提取试剂盒，PCR反应及产物纯化试剂盒，测序反应试剂盒、琼脂糖。4 .2实验设备和器材4.1.1 仪器设备：电泳仪，离心机，PCR仪、紫外凝胶成像系统、遗传分析仪，水浴锅、微波炉、混匀振荡器。4.1.2 器材：剪刀、镣子、采血管、移液器、离心管、PCR管、琼脂糖制胶板。5 方法原理小鼠和大鼠基因组内均存在数量极为丰富的SNP位点。通过筛选品系特异性的SNP标记位点，并在该变位点上下游设计引物，通过PCR扩增、连接酶反应、测序、毛细管电泳等分子生物学方法分析，得到各近交系的遗传

5、概貌，定期对他们进行质量监测。6 位点选择6.1 近交系小鼠检测（直接测序法）常规近交系小鼠从表1中前27个SNP标记进行PCR扩增，使用直接测序法进行检测。除表1前27个标记外，C57B1/6亚系需要加测表1中28-32号SNP标记，BA1B/c亚系需要加测表1中33-35号SNP标记。各实验室可根据自身条件设计或选择引物。表2中引物和退火温度可供参考。其中，产物长度为约数，不作为判别标准。退火温度为推荐退火温度。实际操作中，可根据各实验室具体条件进行优化调整，经比对验证，58-60均可得到目的片段。表1近交系小鼠35个SNP标记检测位点序号SNPID序号SNPID序号SNPID序号SNPI

6、D1rs302279610rs302317719rs302338228rs37096242rs302282511rs302320320rs309104829rs36597873rs302288312rs302322621rs309117430rs37223134rs302295313rs308998422rs302343631rs37021585rs302297714rs308910923rs302344232rs37248766rs302303415rs308867324rs302345033rs37126927rs302303916rs302325125rs308934934rs37060

7、828rs302306417rs302334226rs302348135rs36568019rs302316218rs302338127rs3089604/表2近交系小鼠35个SNP标记引物及退火温度No.primersequenceProduct(bp)Tm()Chr.1rs3022796-FGtatggtggggagagcacac344611rs3022796-RGagtcaggtccaaccaaccc2rs3022825-FGgcactgcagtattagccga299601rs3022825-RCctggcatgtactgtgaggc3rs3022883-FAgtttgggggagga

8、accctg209602rs3022883-RAggcaggcatcatacattgga4rs3022953-Frs3022953-RCatttgacaaggtatgcagggcGtattttgtaggggcaccaga1985935rs3022977-Frs3022977-RAtgagaggaacaacaagcacgtCcccaagatttctacaccaaag3855946rs3023034-Frs3023034-RTgagttttcactcttgctggcAgcccttctgatagttgaacgac2496057rs3023039-Frs3023039-RCagccataccactct

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13、601724rs3023450-Frs3023450-RAtggatcagggaagagcaccCtgcctgcatcccctaactc216601725rs3089349-Frs3089349-RCcctgtgctcatggtgtagaaaTcagggtggatgatgtccaaag299611826rs3023481-Frs3023481-RTctgggccactactttcacttcCagcactttccacagttggg250601927rs3089604-FTtttcagggccaaagcagact29060Xrs3089604-RTcctcctaactaagtccccctttt28rs3709624-FAcagtgctggcttgtggtagag673618rs3709624-RCgaattatgaccgagaagttga29rs3659787-FCcacaacaaagagccagaccaa2775911rs3659787-RTaggcttggccttcatctaagc30rs3722313-FGtgtctctcaccaggacagc2726013rs3722313-RAacgggtcgtagaacttggc31rs3702158-FActctccaa